On reprend enfin l'histoire du manga on retrouve Naruto de retour à Konoha trois ans après son voyage d'entraînement avec Jiraiya. Konoha n'a pas changé, enfin presque. Notre cher héros retrouve une Sakura bien plus forte, un Kakashi toujours fidèle à lui-même, et des compagnons qui n'ont pas l'air d'avoir chômé ces trois dernières années, mais les retrouvailles seront de courte durée... Akatsuki reprend aussi du service et, qui plus est, a l'air de sortir les grands moyens pour exécuter ses plans. Naruto et les autres équipes sont dépêchés pour les contrer, un bon moyen pour voir les résultats d'entraînement de tous. Tout au long des ses aventures, Naruto devra faire face à divers périples et choix bien plus difficiles qu'auparavant. Il devra fournir plus d'efforts et changer d'attitude pour protéger ses amis et surtout espérer ramener Sasuke...
